值得注意的是，国资委相关负责人表示，对商业类国有企业而言，要优化资源配置，加大重组整合力度和研发投入，加快科技和管理创新步伐，持续推动转型升级，培育一批具有创新能力和国际竞争力的国有骨干企业。
在深化国企改革顶层设计方案出炉后，有关国有企业功能界定与分类的内容格外引人关注。业内表示，准确界定不同国有企业功能并科学分类，是深化国有企业改革的重要前置性工作。改组或组建国有资本投资运营公司等重大改革举措的完善和落地，都需要以清晰界定国有企业功能与类别为前提。国务院国资委研究中心咨询部部长张晓春进一步表示，在合理对国企进行分类后，势必要按照不同类别提出要求，严格考核。
对于与市场关联度更强的商业类国企，《意见》明确这类企业要优化资源配置，加大重组整合力度和研发投入，加快科技和管理创新步伐，持续推动转型升级，培育一批具有创新能力和国际竞争力的国有骨干企业。其中，对主业处于充分竞争行业和领域的商业类国有企业，要支持和鼓励发展有竞争优势的产业，优化国有资本投向，推动国有产权流转，及时处置低效、无效及不良资产，提高市场竞争能力。“商业类国有企业以增强国有经济活力、放大国有资本功能、实现国有资产保值增值为主要目标，按照市场化要求实行商业化运作，依法独立自主开展生产经营活动，实现优胜劣汰、有序进退。”上述负责人表示。
不过，《意见》也强调，主主要承担重大专项任务的商业类国有企业，要以保障国家安全和国民经济运行为目标，重点发展前瞻性战略性产业，实现经济效益、社会效益与安全效益的有机统一。而对于公益类国企，《意见》同时要求，要以保障民生为主要目标，必要的产品或服务价格可以由政府调控。
