通知明确，对于行政单位待处理财产损益的反映，一般应先记入“待处理财产损益”科目，按照规定报经批准后及时进行相应的账务处理。而对于事业单位经营结余和经营亏损的反映，编报决算时相应填入“结余分配”明细栏；经营亏损年末不予结转，在部门决算报表中以负数反映在“经营结余”栏下，事业单位经营亏损应当用以后年度经营利润弥补，不得用事业基金弥补。
对于事业基金和专用基金负结余问题，通知要求，事业基金和专用基金应遵循收支平衡的原则，支出不得超出基金规模。单位编报决算时，事业基金和专用基金年初存在负结余，属于历史遗留问题，应逐年消化，不再扩大负结余。
在“三公”经费列支方面。通知显示，编制该部分决算有三点要求，第一，因公出国（境）团组数应填报单位本年度因公组团的出国（境）团组数，不包含参加其他单位组团的出国（境）团组数；因公出国（境）人次应填报单位本年度因公出国（境）累计人次，包括本单位组团和参加其他单位组团的出国（境）人次。第二，公车购置数应填报单位本年度支付公车购置费用，并列入本单位固定资产账的车辆数；公务用车保有量应填报单位年末固定资产登记入车辆数。第三，公务接待批次应分别填报单位本年度国内及国（境）外公务接待累计批次及累计人次。
对于地方“乡财县管”模式下乡镇机构在部门决算中的反映，通知要求，“乡财县管”模式不改变乡镇财政预算管理权，其预算管理级次仍为乡镇级，乡镇政府在县级财政部门指导下编制预决算，因此，实行“乡财县管”的乡镇编报部门决算时，封面“预算管理级次”选择“乡镇级”。
通知还要求，纳入地方部门预算的中央单位，可按照当地财政部门要求，以经费差额表形式向拨款部门报送收到的地方财政拨款收支结余情况。未纳入地方部门预算的中央单位，不纳入地方部门决算编报范围。
