纵观整个《办法》，多项条款将对现有网络支付业务产生重大影响。其中，市场对于《办法》中网络支付限额的规定关注程度最高。人人操盘CEO顾崇伦表示，对于网络支付余额支付上限作出限制，实际上是希望支付机构回归小额支付的范畴去，把大额支付留给银行去做，这对客户体验不会有太大影响，但对有互联网账户体系的支付机构影响较大。一位第三方支付业内人士表示，由于余额限制在20万、10万之内，而理财产品大部分都超过这个金额，所以，互联网理财的发展之路可能就此封路。
顾崇伦也表示，对于支付宝和财付通这样的机构，因为阿里和腾讯本身都拿到了民营银行牌照，大额支付的部分由银行去做，而小额支付的部分由支付机构来做，可以将原有的业务通过不同的牌照来实现。
而《办法》关于身份验证的问题也引发了不小的争议。上述第三方支付行业人士分析称，关于对客户开户的限制，《办法》提出很多要求，尤其是需要通过三个（含）以上机构进行证明和验证，即需要公安、社保、银行、工商等多部门来联系证明“你是你”，才可以进行开户。这对于一些打工人员、学生，没有缴纳社保的人员来讲，就很难开户，即便对于普通工薪族，办理起来也极其繁琐。
另外，《办法》规定，支付机构不得为金融机构，以及从事信贷、融资、理财、担保、货币兑换等金融业务的其他机构开立支付账户。开鑫贷总经理周治翰认为，在该《办法》的影响下，现有的第三方支付与P2P之间的合作可能需要进行调整，资金的划转最终都需要通过银行，第三方支付只能作为纯通道。
中金公司点评《办法》称，新的监管环境下，大的支付机构将会发展的更好，可能的方向是平台型，拓展征信、互联网信贷等的业务，通过增值服务收费；而单纯的支付业务利润率低下，小型机构生存会比较困难，行业面临整合，集中度将提升。
业内人士表示，《办法》的公布必将引发监管和支付机构之间的博弈进一步升级。从监管的角度而言，其更多考虑的是对金融风险的把控，而从互联网机构的角度而言，其更多是出于对自身业务的创新和扩张的考量。
顾崇伦表示，支付机构不甘心只当通道，它们希望有更多的沉淀资金，把转账、贷款和理财业务全都做起来，从原本的支付通道变成具有存贷汇全样功能的账户体系，在普通客户看来，这和传统的银行账户没有区别。从宏观角度来看，因为其不是银行但是又像一个银行，所以，监管需要把它和传统的银行功能有所区分。
